Ein Schwerpunkt seiner musikalischen Arbeit ist die zeitgenössische Musik: Als Mitglied des Mutare-Ensembles ist er Gast u.a. bei den Darmstädter Ferienkursen für Neue Musik, den Studiokonzerten des NDR Hannover sowie den Lunchkonzerten des HR. Meisterkurse für Flöte, Kammermusik und zeitgenössische Musik gibt er regelmäßig u.a. an der Bundesakademie Rheinsberg, der Europäischen Musikakademie Montepulciano und beim Wuppertaler Musiksommer. Von 1990-2004 unterrichtete er an der Musikhochschule Mainz, von 1999-2004 zudem als Gastprofessor an der Universidad de ciencias y artes in Mexiko. 2004 wurde er als Professor für Flöte und Kammermusik an die Hochschule für Musik und Tanz Köln berufen. Seit 2014 unterrichtet er zudem an der Hochschule für Musik und Theater Rostock. Im März dieses Jahres gab Dirk Peppel sein Debut als Lehrer und Solist in Süd-Korea (Seoul) und China (Wuhan). Für 2018 und 2019 erfolgten bereits weitere Einladungen, u a. zum Flötenfestival Dalian und wiederum nach Seoul.